Crysta, une jeune fée, vit dans la forêt de FernGully. Un jour elle rencontre un humain, Zak. Mais Hexxus, un esprit maléfique emprisonné dans un arbre depuis des siècles est accidentellement libéré, maintenant, la forêt est en danger. Tous les habitants de FernGully vont devoir unir leurs forces pour la sauver...
